La musique andine tire ses origines de la musique des peuples de langue quechua, aymara et d'autres peuples de la Cordillère des Andes. Cette zone comprend l'Argentine, la Bolivie, l'Équateur, le Chili, la Colombie, le Pérou et le Venezuela.
Le groupe des flûtes de Pan comprend le siku (ou zampoña) et l'antara. Ce sont des instruments indigènes anciens qui varient dans leurs tailles, dans les façons de les accorder et dans leur style. Les instruments de ce groupe se fabriquent à partir de roseaux aquatiques présents dans de nombreux lacs de la partie andine de l'Amérique du Sud. Le siku est fait d'un ensemble de deux roseaux qui sont accordés soit en gamme pentatonique soit en gamme diatonique. Certaines flûtes de Pan modernes avec un seul roseau[pas clair] s'inspirent de l'antara indigène et sont capables de jouer la gamme complète, tandis qu'on joue du siku traditionnel en utilisant deux roseaux liés entre eux. Il est encore courant que deux artistes se partagent une mélodie en jouant sur un siku de taille plus grande appelé toyo. Cette façon de répartir entre deux musiciens les notes à jouer s'appelle le jeu en hoquet et est encore en usage aujourd'hui dans nombre de chants traditionnels huaynos et dans la musique andine contemporaine
Les quenas (flûtes à bout entaillé) restent populaires et sont traditionnellement fabriquées à partir des mêmes roseaux aquatiques que les sikus, même si on utilise parfois un tube en PVC en raison de sa résistance à la chaleur, au froid et à l'humidité. En règle générale, on n'utilise les quenas que pendant la saison sèche, et on joue avec des flûtes verticales, appelées tarkas, au cours de la saison des pluies. Les tarkas sont fabriquées en bois dur des Andes, donc de provenance locale. Les fanfares où dominent les tambours et les flûtes de Pan sont tout à fait courantes aujourd'hui et servent à célébrer mariages, carnavals et autres festivités..
